Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD

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資料紀錄

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版本

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如何引用

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Torres-Carvajal O (2022): Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD. v1.0. No organisation. Dataset/Occurrence. http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156&v=1.0

權利

研究者應尊重以下權利聲明。:

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GBIF 註冊

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關鍵字

Phyllodactylus; Engystomops; Galápagos; Continente; Secuenciación; Occurrence; Occurrence; Specimen

聯絡資訊

Omar Torres-Carvajal

元數據提供者 ●
出處 ●
連絡人 ●
研究主持人

Curador de Reptiles

PUCE

Av. 12 de Octubre 1076 y Roca

Quito

Pichincha

EC

lotorres@puce.edu.ec

2991700

https://bioweb.puce.edu.ec/QCAZ/contenido/OmarTorresCarvajal

http://orcid.org/https://orcid.org/0000-0003-0041-9250

Santiago Ron

研究主持人

Curador de Anfibios

PUCE

Av. 12 de Octubre 1076 y Roca

Quito

Pichincha

EC

srron@puce.edu.ec

2991700

https://bioweb.puce.edu.ec/QCAZ/contenido/SantiagoRon

http://orcid.org/https://orcid.org/0000-0001-6300-9350

地理涵蓋範圍

Galápagos, Morona Santiago, Napo, Orellana, Pastaza, Sucumbíos, Zamora Chinchipe, Loja, El Oro, Guayas

界定座標範圍	緯度南界經度西界 [-5.222, -92.505], 緯度北界經度東界 [1.67, -74.971]

分類群涵蓋範圍

無相關描述

Species	Phyllodactylus reissii (Geco), Phyllodactylus leei (Geco), Phyllodactylus darwini (Geco), Phyllodactylus baurii (Geco), Phyllodactylus gori (Geco), Phyllodactylus barringtonensis (Geco), Phyllodactylus galapagensis (Geco), Phyllodactylus ducanensis (Geco), Phyllodactylus gilberti (Geco), Engystomops petersi (Rana), Engystomops puyango (Rana)

時間涵蓋範圍

起始日期 / 結束日期	2021-04-13 / 2023-04-13

計畫資料

Delimitar especies de ranas del género Engystomops y salamanquesas del género Phyllodactylus en base a técnicas de secuenciación masiva de ADN, con el propósito de introducir nuevas tecnologías de punta para el estudio de la biodiversidad del Ecuador.

計畫名稱	Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD
辨識碼	MAAE-DBI-CM-2021-0156
經費來源	PUCE, Quito, Ecuador
研究區域描述	Tejidos de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y que fueron colectadas en distintas localidades del país.
研究設計描述	Para este estudio se utilizarán aproximadamente 200 muestras de tejido de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y preservadas en etanol al 95%. Estas muestras fueron colectadas en distintas localidades del país, especialmente en zonas bajo los 1000 metros de elevación, y cubren la mayor parte de la distribución geográfica de los grupos a ser estudiados: Engystomops petersi, E. puyango, Phyllodactylus galapagoensis, Phyllodactylus baurii. Como grupos externos se incluirán Engystomops petersi y Phyllodactylus reissii. A partir de las muestras de tejido se extraerá ADN genómico en base al protocolo de isotiocianato de guanidina. La concentración de los aislados de ADN será examinada con un fluorómetro Qubit 2.0 usando un kit dsDNA BR (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Para obtener las secuencias de ADN a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción (ddRAD-seq; Peterson et al., 2012) se seguirán los siguientes pasos (Sovic, Fries & Gibbs, 2016): 1. Digestión de aproximadamente 250 ng de ADN de cada individuo usando 15 unidades de las enzimas de restricción EcoRI y SbfI (New England Biolabs, Ipswich, MA, USA); 2. Selección del tamaño de los fragmentos de ADN usando un sistema TapeStation 4200 (Agilent), 3. Ligadura de adaptadores con códigos de barras únicos de Illumina a cada muestra de ADN; 4. Selección de fragmentos de 300-450 pares de bases en base a extracción de geles de agarosa; 5. Cuantificación de los productos de la extracción de geles mediante PCR cuantitativo (qPCR); 6. Amplificación de las bibliotecas de ADN; 7. Purificación de los productos con AmPure beads; y 8. Secuenciación en un secuenciador Illumina HiSeq. Los pasos 1 y 2 se realizarán en el laboratorio molecular del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE, mientras que los pasos 3-8 se llevarán a cabo en la Universidad de Texas en Austin. Una vez obtenidas las secuencias de ADN, se procesarán los datos en el programa STACKS (Catchen et al., 2013) para limpiar y genotipificar las secuencias obtenidas. A continuación se exportarán matrices de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP por sus siglas en inglés) de estas secuencias utilizando el programa populations (Catchen et al., 2013). Con esta matriz se correrán análisis de máxima versolimilitud en el programa RaxML 8.0 (Stamatakis, 2014) bajo el modelo de substitución GTR+G, con 1000 réplicas de bootstrap. En base a este análisis, y a análisis filogenéticos preliminares de secuencias de ADN mitocondrial y morfología, con los que ya cuenta el laboratorio de herpetología del Museo de Zoología QCAZ, se asignará cada individuo a una especie putativa. A continuación, se inferirán árboles de especies mediante el módulo SNAPP del programa BEAST2 v2.0.2 (Bouckaert et al., 2014) para evaluar las relaciones evolutivas entre las especies. En caso de existir varias hipótesis de delimitación de especies, éstas se pondrán a prueba en base al procedimiento de delimitación con factores Bayes para datos genómicos de SNP (Leaché, Fujita, Minin & Bouckaert, 2014). Este método evalúa varias hipótesis de delimitación de especies comparando los estimados de sus verosimilitudes marginales, y está disponible dentro del módulo SNAPP del programa BEAST2.

參與計畫的人員: