Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD

Occurrence
Последняя версия опубликовано 5 октября 2022 г.
Дата публикации:
5 октября 2022 г.
Опубликовано:
No organisation
Лицензия:
CC-BY-NC 4.0

Скачайте последнюю версию данных этого ресурса в формате Darwin Core Archive (DwC-A) или метаданных ресурса в форматах EML или RTF:

Данные в формате DwC-A Скачать 173 Записи в Spanish (18 KB) - Частота обновления: неизвестно
Метаданные в формате EML Скачать в Spanish (16 KB)
Метаданные в формате RTF Скачать в Spanish (12 KB)

Описание

Muestras de ejemplares correspondientes al Contrato Marco maae-dbi-cm-2021-0156 para presentación del informe anual.

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 173 записей.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Torres-Carvajal O (2022): Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD. v1.0. No organisation. Dataset/Occurrence. http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156&v=1.0

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Эта работа находится под лицензией Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC 4.0).

Регистрация в GBIF

Этот ресурс не был зарегистрирован в GBIF

Ключевые слова

Phyllodactylus; Engystomops; Galápagos; Continente; Secuenciación; Occurrence; Occurrence; Specimen

Контакты

Omar Torres-Carvajal
  • Metadata Provider ●
  • Originator ●
  • Point Of Contact ●
  • Principal Investigator
  • Curador de Reptiles
PUCE
  • Av. 12 de Octubre 1076 y Roca
Quito
Pichincha
EC
  • 2991700
Santiago Ron
  • Principal Investigator
  • Curador de Anfibios
PUCE
  • Av. 12 de Octubre 1076 y Roca
Quito
Pichincha
EC
  • 2991700

Географический охват

Galápagos, Morona Santiago, Napo, Orellana, Pastaza, Sucumbíos, Zamora Chinchipe, Loja, El Oro, Guayas

Ограничивающие координаты Юг Запад [-5,222, -92,505], Север Восток [1,67, -74,971]

Таксономический охват

Описание отсутсвует

Species Phyllodactylus reissii (Geco), Phyllodactylus leei (Geco), Phyllodactylus darwini (Geco), Phyllodactylus baurii (Geco), Phyllodactylus gori (Geco), Phyllodactylus barringtonensis (Geco), Phyllodactylus galapagensis (Geco), Phyllodactylus ducanensis (Geco), Phyllodactylus gilberti (Geco), Engystomops petersi (Rana), Engystomops puyango (Rana)

Временной охват

Дата начала / Дата окончания 2021-04-13 / 2023-04-13

Данные проекта

Delimitar especies de ranas del género Engystomops y salamanquesas del género Phyllodactylus en base a técnicas de secuenciación masiva de ADN, con el propósito de introducir nuevas tecnologías de punta para el estudio de la biodiversidad del Ecuador.

Название Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD
Идентификатор MAAE-DBI-CM-2021-0156
Финансирование PUCE, Quito, Ecuador
Описание района исследования Tejidos de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y que fueron colectadas en distintas localidades del país.
Описание плана выполнения исследований Para este estudio se utilizarán aproximadamente 200 muestras de tejido de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y preservadas en etanol al 95%. Estas muestras fueron colectadas en distintas localidades del país, especialmente en zonas bajo los 1000 metros de elevación, y cubren la mayor parte de la distribución geográfica de los grupos a ser estudiados: Engystomops petersi, E. puyango, Phyllodactylus galapagoensis, Phyllodactylus baurii. Como grupos externos se incluirán Engystomops petersi y Phyllodactylus reissii. A partir de las muestras de tejido se extraerá ADN genómico en base al protocolo de isotiocianato de guanidina. La concentración de los aislados de ADN será examinada con un fluorómetro Qubit 2.0 usando un kit dsDNA BR (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Para obtener las secuencias de ADN a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción (ddRAD-seq; Peterson et al., 2012) se seguirán los siguientes pasos (Sovic, Fries & Gibbs, 2016): 1. Digestión de aproximadamente 250 ng de ADN de cada individuo usando 15 unidades de las enzimas de restricción EcoRI y SbfI (New England Biolabs, Ipswich, MA, USA); 2. Selección del tamaño de los fragmentos de ADN usando un sistema TapeStation 4200 (Agilent), 3. Ligadura de adaptadores con códigos de barras únicos de Illumina a cada muestra de ADN; 4. Selección de fragmentos de 300-450 pares de bases en base a extracción de geles de agarosa; 5. Cuantificación de los productos de la extracción de geles mediante PCR cuantitativo (qPCR); 6. Amplificación de las bibliotecas de ADN; 7. Purificación de los productos con AmPure beads; y 8. Secuenciación en un secuenciador Illumina HiSeq. Los pasos 1 y 2 se realizarán en el laboratorio molecular del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE, mientras que los pasos 3-8 se llevarán a cabo en la Universidad de Texas en Austin. Una vez obtenidas las secuencias de ADN, se procesarán los datos en el programa STACKS (Catchen et al., 2013) para limpiar y genotipificar las secuencias obtenidas. A continuación se exportarán matrices de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP por sus siglas en inglés) de estas secuencias utilizando el programa populations (Catchen et al., 2013). Con esta matriz se correrán análisis de máxima versolimilitud en el programa RaxML 8.0 (Stamatakis, 2014) bajo el modelo de substitución GTR+G, con 1000 réplicas de bootstrap. En base a este análisis, y a análisis filogenéticos preliminares de secuencias de ADN mitocondrial y morfología, con los que ya cuenta el laboratorio de herpetología del Museo de Zoología QCAZ, se asignará cada individuo a una especie putativa. A continuación, se inferirán árboles de especies mediante el módulo SNAPP del programa BEAST2 v2.0.2 (Bouckaert et al., 2014) para evaluar las relaciones evolutivas entre las especies. En caso de existir varias hipótesis de delimitación de especies, éstas se pondrán a prueba en base al procedimiento de delimitación con factores Bayes para datos genómicos de SNP (Leaché, Fujita, Minin & Bouckaert, 2014). Este método evalúa varias hipótesis de delimitación de especies comparando los estimados de sus verosimilitudes marginales, y está disponible dentro del módulo SNAPP del programa BEAST2.

Исполнители проекта:

Omar Torres-Carvajal
  • Principal Investigator

Дополнительные метаданные

Цель

Representa al Museo de Herpetología QCAZ con la finalidad de vincular informes parciales, finales de permisos de investigación, contratos marco y patentes.
Описание частоты обновления ресурса La información se subirá dependiendo del tiempo indicado en el permiso de investigación, contrato marco o patente.
Альтернативные идентификаторы http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156