Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD

Registros biológicos
Última versión publicado el 5 de octubre de 2022
Fecha de publicación:
5 de octubre de 2022
Publicado por:
No organisation
Licencia:
CC-BY-NC 4.0

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Descripción

Muestras de ejemplares correspondientes al Contrato Marco maae-dbi-cm-2021-0156 para presentación del informe anual.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 173 registros.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

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¿Cómo referenciar?

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Torres-Carvajal O (2022): Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD. v1.0. No organisation. Dataset/Occurrence. http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156&v=1.0

Derechos

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Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento-NoComercial (CC-BY-NC 4.0).

Registro GBIF

Este recurso no ha sido registrado en GBIF

Palabras clave

Phyllodactylus; Engystomops; Galápagos; Continente; Secuenciación; Occurrence; Occurrence; Specimen

Contactos

Omar Torres-Carvajal
  • Proveedor De Los Metadatos ●
  • Originador ●
  • Punto De Contacto ●
  • Investigador Principal
  • Curador de Reptiles
PUCE
  • Av. 12 de Octubre 1076 y Roca
Quito
Pichincha
EC
  • 2991700
Santiago Ron
  • Investigador Principal
  • Curador de Anfibios
PUCE
  • Av. 12 de Octubre 1076 y Roca
Quito
Pichincha
EC
  • 2991700

Cobertura geográfica

Galápagos, Morona Santiago, Napo, Orellana, Pastaza, Sucumbíos, Zamora Chinchipe, Loja, El Oro, Guayas

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-5,222, -92,505], Latitud Máxima Longitud Máxima [1,67, -74,971]

Cobertura taxonómica

No hay descripción disponible

Especie Phyllodactylus reissii (Geco), Phyllodactylus leei (Geco), Phyllodactylus darwini (Geco), Phyllodactylus baurii (Geco), Phyllodactylus gori (Geco), Phyllodactylus barringtonensis (Geco), Phyllodactylus galapagensis (Geco), Phyllodactylus ducanensis (Geco), Phyllodactylus gilberti (Geco), Engystomops petersi (Rana), Engystomops puyango (Rana)

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2021-04-13 / 2023-04-13

Datos del proyecto

Delimitar especies de ranas del género Engystomops y salamanquesas del género Phyllodactylus en base a técnicas de secuenciación masiva de ADN, con el propósito de introducir nuevas tecnologías de punta para el estudio de la biodiversidad del Ecuador.

Título Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD
Identificador MAAE-DBI-CM-2021-0156
Fuentes de Financiación PUCE, Quito, Ecuador
Descripción del área de estudio Tejidos de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y que fueron colectadas en distintas localidades del país.
Descripción del diseño Para este estudio se utilizarán aproximadamente 200 muestras de tejido de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y preservadas en etanol al 95%. Estas muestras fueron colectadas en distintas localidades del país, especialmente en zonas bajo los 1000 metros de elevación, y cubren la mayor parte de la distribución geográfica de los grupos a ser estudiados: Engystomops petersi, E. puyango, Phyllodactylus galapagoensis, Phyllodactylus baurii. Como grupos externos se incluirán Engystomops petersi y Phyllodactylus reissii. A partir de las muestras de tejido se extraerá ADN genómico en base al protocolo de isotiocianato de guanidina. La concentración de los aislados de ADN será examinada con un fluorómetro Qubit 2.0 usando un kit dsDNA BR (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Para obtener las secuencias de ADN a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción (ddRAD-seq; Peterson et al., 2012) se seguirán los siguientes pasos (Sovic, Fries & Gibbs, 2016): 1. Digestión de aproximadamente 250 ng de ADN de cada individuo usando 15 unidades de las enzimas de restricción EcoRI y SbfI (New England Biolabs, Ipswich, MA, USA); 2. Selección del tamaño de los fragmentos de ADN usando un sistema TapeStation 4200 (Agilent), 3. Ligadura de adaptadores con códigos de barras únicos de Illumina a cada muestra de ADN; 4. Selección de fragmentos de 300-450 pares de bases en base a extracción de geles de agarosa; 5. Cuantificación de los productos de la extracción de geles mediante PCR cuantitativo (qPCR); 6. Amplificación de las bibliotecas de ADN; 7. Purificación de los productos con AmPure beads; y 8. Secuenciación en un secuenciador Illumina HiSeq. Los pasos 1 y 2 se realizarán en el laboratorio molecular del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE, mientras que los pasos 3-8 se llevarán a cabo en la Universidad de Texas en Austin. Una vez obtenidas las secuencias de ADN, se procesarán los datos en el programa STACKS (Catchen et al., 2013) para limpiar y genotipificar las secuencias obtenidas. A continuación se exportarán matrices de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP por sus siglas en inglés) de estas secuencias utilizando el programa populations (Catchen et al., 2013). Con esta matriz se correrán análisis de máxima versolimilitud en el programa RaxML 8.0 (Stamatakis, 2014) bajo el modelo de substitución GTR+G, con 1000 réplicas de bootstrap. En base a este análisis, y a análisis filogenéticos preliminares de secuencias de ADN mitocondrial y morfología, con los que ya cuenta el laboratorio de herpetología del Museo de Zoología QCAZ, se asignará cada individuo a una especie putativa. A continuación, se inferirán árboles de especies mediante el módulo SNAPP del programa BEAST2 v2.0.2 (Bouckaert et al., 2014) para evaluar las relaciones evolutivas entre las especies. En caso de existir varias hipótesis de delimitación de especies, éstas se pondrán a prueba en base al procedimiento de delimitación con factores Bayes para datos genómicos de SNP (Leaché, Fujita, Minin & Bouckaert, 2014). Este método evalúa varias hipótesis de delimitación de especies comparando los estimados de sus verosimilitudes marginales, y está disponible dentro del módulo SNAPP del programa BEAST2.

Personas asociadas al proyecto:

Omar Torres-Carvajal
  • Investigador Principal

Metadatos adicionales

Propósito

Representa al Museo de Herpetología QCAZ con la finalidad de vincular informes parciales, finales de permisos de investigación, contratos marco y patentes.
Descripción de mantenimiento La información se subirá dependiendo del tiempo indicado en el permiso de investigación, contrato marco o patente.
Identificadores alternativos http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156