Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD

Occurrence
Dernière version publié le 5 octobre 2022
Date de publication:
5 octobre 2022
Publié par:
No organisation
Licence:
CC-BY-NC 4.0

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Description

Muestras de ejemplares correspondientes al Contrato Marco maae-dbi-cm-2021-0156 para presentación del informe anual.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 173 enregistrements.

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Versions

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Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Torres-Carvajal O (2022): Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD. v1.0. No organisation. Dataset/Occurrence. http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource n'a pas été enregistrée sur le portail GBIF

Mots-clé

Phyllodactylus; Engystomops; Galápagos; Continente; Secuenciación; Occurrence; Occurrence; Specimen

Contacts

Omar Torres-Carvajal
  • Fournisseur Des Métadonnées ●
  • Créateur ●
  • Personne De Contact ●
  • Chercheur Principal
  • Curador de Reptiles
PUCE
  • Av. 12 de Octubre 1076 y Roca
Quito
Pichincha
EC
  • 2991700
Santiago Ron
  • Chercheur Principal
  • Curador de Anfibios
PUCE
  • Av. 12 de Octubre 1076 y Roca
Quito
Pichincha
EC
  • 2991700

Couverture géographique

Galápagos, Morona Santiago, Napo, Orellana, Pastaza, Sucumbíos, Zamora Chinchipe, Loja, El Oro, Guayas

Enveloppe géographique Sud Ouest [-5,222, -92,505], Nord Est [1,67, -74,971]

Couverture taxonomique

Pas de description disponible

Species Phyllodactylus reissii (Geco), Phyllodactylus leei (Geco), Phyllodactylus darwini (Geco), Phyllodactylus baurii (Geco), Phyllodactylus gori (Geco), Phyllodactylus barringtonensis (Geco), Phyllodactylus galapagensis (Geco), Phyllodactylus ducanensis (Geco), Phyllodactylus gilberti (Geco), Engystomops petersi (Rana), Engystomops puyango (Rana)

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2021-04-13 / 2023-04-13

Données sur le projet

Delimitar especies de ranas del género Engystomops y salamanquesas del género Phyllodactylus en base a técnicas de secuenciación masiva de ADN, con el propósito de introducir nuevas tecnologías de punta para el estudio de la biodiversidad del Ecuador.

Titre Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD
Identifiant MAAE-DBI-CM-2021-0156
Financement PUCE, Quito, Ecuador
Description du domaine d'étude / de recherche Tejidos de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y que fueron colectadas en distintas localidades del país.
Description du design Para este estudio se utilizarán aproximadamente 200 muestras de tejido de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y preservadas en etanol al 95%. Estas muestras fueron colectadas en distintas localidades del país, especialmente en zonas bajo los 1000 metros de elevación, y cubren la mayor parte de la distribución geográfica de los grupos a ser estudiados: Engystomops petersi, E. puyango, Phyllodactylus galapagoensis, Phyllodactylus baurii. Como grupos externos se incluirán Engystomops petersi y Phyllodactylus reissii. A partir de las muestras de tejido se extraerá ADN genómico en base al protocolo de isotiocianato de guanidina. La concentración de los aislados de ADN será examinada con un fluorómetro Qubit 2.0 usando un kit dsDNA BR (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Para obtener las secuencias de ADN a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción (ddRAD-seq; Peterson et al., 2012) se seguirán los siguientes pasos (Sovic, Fries & Gibbs, 2016): 1. Digestión de aproximadamente 250 ng de ADN de cada individuo usando 15 unidades de las enzimas de restricción EcoRI y SbfI (New England Biolabs, Ipswich, MA, USA); 2. Selección del tamaño de los fragmentos de ADN usando un sistema TapeStation 4200 (Agilent), 3. Ligadura de adaptadores con códigos de barras únicos de Illumina a cada muestra de ADN; 4. Selección de fragmentos de 300-450 pares de bases en base a extracción de geles de agarosa; 5. Cuantificación de los productos de la extracción de geles mediante PCR cuantitativo (qPCR); 6. Amplificación de las bibliotecas de ADN; 7. Purificación de los productos con AmPure beads; y 8. Secuenciación en un secuenciador Illumina HiSeq. Los pasos 1 y 2 se realizarán en el laboratorio molecular del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE, mientras que los pasos 3-8 se llevarán a cabo en la Universidad de Texas en Austin. Una vez obtenidas las secuencias de ADN, se procesarán los datos en el programa STACKS (Catchen et al., 2013) para limpiar y genotipificar las secuencias obtenidas. A continuación se exportarán matrices de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP por sus siglas en inglés) de estas secuencias utilizando el programa populations (Catchen et al., 2013). Con esta matriz se correrán análisis de máxima versolimilitud en el programa RaxML 8.0 (Stamatakis, 2014) bajo el modelo de substitución GTR+G, con 1000 réplicas de bootstrap. En base a este análisis, y a análisis filogenéticos preliminares de secuencias de ADN mitocondrial y morfología, con los que ya cuenta el laboratorio de herpetología del Museo de Zoología QCAZ, se asignará cada individuo a una especie putativa. A continuación, se inferirán árboles de especies mediante el módulo SNAPP del programa BEAST2 v2.0.2 (Bouckaert et al., 2014) para evaluar las relaciones evolutivas entre las especies. En caso de existir varias hipótesis de delimitación de especies, éstas se pondrán a prueba en base al procedimiento de delimitación con factores Bayes para datos genómicos de SNP (Leaché, Fujita, Minin & Bouckaert, 2014). Este método evalúa varias hipótesis de delimitación de especies comparando los estimados de sus verosimilitudes marginales, y está disponible dentro del módulo SNAPP del programa BEAST2.

Les personnes impliquées dans le projet:

Omar Torres-Carvajal
  • Chercheur Principal

Métadonnées additionnelles

Objet

Representa al Museo de Herpetología QCAZ con la finalidad de vincular informes parciales, finales de permisos de investigación, contratos marco y patentes.
Description de la fréquence de mise à jour La información se subirá dependiendo del tiempo indicado en el permiso de investigación, contrato marco o patente.
Identifiants alternatifs http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156