Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD

Ocorrência
Versão mais recente publicado em 5 de Outubro de 2022
Publication date:
5 de Outubro de 2022
Published by:
No organisation
Licença:
CC-BY-NC 4.0

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Descrição

Muestras de ejemplares correspondientes al Contrato Marco maae-dbi-cm-2021-0156 para presentación del informe anual.

Registros de Dados

Os dados deste recurso de ocorrência foram publicados como um Darwin Core Archive (DwC-A), que é o formato padronizado para compartilhamento de dados de biodiversidade como um conjunto de uma ou mais tabelas de dados. A tabela de dados do núcleo contém 173 registros.

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Versões

A tabela abaixo mostra apenas versões de recursos que são publicamente acessíveis.

Como citar

Pesquisadores deveriam citar esta obra da seguinte maneira:

Torres-Carvajal O (2022): Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuencuación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD. v1.0. No organisation. Dataset/Occurrence. http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156&v=1.0

Direitos

Pesquisadores devem respeitar a seguinte declaração de direitos:

This work is licensed under a Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC 4.0) License.

GBIF Registration

Este recurso não foi registrado pelo GBIF

Palavras-chave

Phyllodactylus; Engystomops; Galápagos; Continente; Secuenciación; Occurrence; Occurrence; Specimen

Contatos

Omar Torres-Carvajal
  • Provedor Dos Metadados ●
  • Originador ●
  • Ponto De Contato ●
  • Pesquisador Principal
  • Curador de Reptiles
PUCE
  • Av. 12 de Octubre 1076 y Roca
Quito
Pichincha
EC
  • 2991700
Santiago Ron
  • Pesquisador Principal
  • Curador de Anfibios
PUCE
  • Av. 12 de Octubre 1076 y Roca
Quito
Pichincha
EC
  • 2991700

Cobertura Geográfica

Galápagos, Morona Santiago, Napo, Orellana, Pastaza, Sucumbíos, Zamora Chinchipe, Loja, El Oro, Guayas

Coordenadas delimitadoras Sul Oeste [-5,222, -92,505], Norte Leste [1,67, -74,971]

Cobertura Taxonômica

Nenhuma descrição disponível

Espécie Phyllodactylus reissii (Geco), Phyllodactylus leei (Geco), Phyllodactylus darwini (Geco), Phyllodactylus baurii (Geco), Phyllodactylus gori (Geco), Phyllodactylus barringtonensis (Geco), Phyllodactylus galapagensis (Geco), Phyllodactylus ducanensis (Geco), Phyllodactylus gilberti (Geco), Engystomops petersi (Rana), Engystomops puyango (Rana)

Cobertura Temporal

Data Inicial / Data final 2021-04-13 / 2023-04-13

Dados Sobre o Projeto

Delimitar especies de ranas del género Engystomops y salamanquesas del género Phyllodactylus en base a técnicas de secuenciación masiva de ADN, con el propósito de introducir nuevas tecnologías de punta para el estudio de la biodiversidad del Ecuador.

Título Análisis de biodiversidad de anfibios y reptiles a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción/ddRAD
Identificador MAAE-DBI-CM-2021-0156
Financiamento PUCE, Quito, Ecuador
Descrição da Área de Estudo Tejidos de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y que fueron colectadas en distintas localidades del país.
Descrição do Design Para este estudio se utilizarán aproximadamente 200 muestras de tejido de ranas del género Engystomops y lagartijas del género Phyllodactylus depositadas en el banco de genoma del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE y preservadas en etanol al 95%. Estas muestras fueron colectadas en distintas localidades del país, especialmente en zonas bajo los 1000 metros de elevación, y cubren la mayor parte de la distribución geográfica de los grupos a ser estudiados: Engystomops petersi, E. puyango, Phyllodactylus galapagoensis, Phyllodactylus baurii. Como grupos externos se incluirán Engystomops petersi y Phyllodactylus reissii. A partir de las muestras de tejido se extraerá ADN genómico en base al protocolo de isotiocianato de guanidina. La concentración de los aislados de ADN será examinada con un fluorómetro Qubit 2.0 usando un kit dsDNA BR (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Para obtener las secuencias de ADN a través de secuenciación de doble digestión asociada a sitios de restricción (ddRAD-seq; Peterson et al., 2012) se seguirán los siguientes pasos (Sovic, Fries & Gibbs, 2016): 1. Digestión de aproximadamente 250 ng de ADN de cada individuo usando 15 unidades de las enzimas de restricción EcoRI y SbfI (New England Biolabs, Ipswich, MA, USA); 2. Selección del tamaño de los fragmentos de ADN usando un sistema TapeStation 4200 (Agilent), 3. Ligadura de adaptadores con códigos de barras únicos de Illumina a cada muestra de ADN; 4. Selección de fragmentos de 300-450 pares de bases en base a extracción de geles de agarosa; 5. Cuantificación de los productos de la extracción de geles mediante PCR cuantitativo (qPCR); 6. Amplificación de las bibliotecas de ADN; 7. Purificación de los productos con AmPure beads; y 8. Secuenciación en un secuenciador Illumina HiSeq. Los pasos 1 y 2 se realizarán en el laboratorio molecular del Museo de Zoología QCAZ de la PUCE, mientras que los pasos 3-8 se llevarán a cabo en la Universidad de Texas en Austin. Una vez obtenidas las secuencias de ADN, se procesarán los datos en el programa STACKS (Catchen et al., 2013) para limpiar y genotipificar las secuencias obtenidas. A continuación se exportarán matrices de polimorfismos de un solo nucleótido (SNP por sus siglas en inglés) de estas secuencias utilizando el programa populations (Catchen et al., 2013). Con esta matriz se correrán análisis de máxima versolimilitud en el programa RaxML 8.0 (Stamatakis, 2014) bajo el modelo de substitución GTR+G, con 1000 réplicas de bootstrap. En base a este análisis, y a análisis filogenéticos preliminares de secuencias de ADN mitocondrial y morfología, con los que ya cuenta el laboratorio de herpetología del Museo de Zoología QCAZ, se asignará cada individuo a una especie putativa. A continuación, se inferirán árboles de especies mediante el módulo SNAPP del programa BEAST2 v2.0.2 (Bouckaert et al., 2014) para evaluar las relaciones evolutivas entre las especies. En caso de existir varias hipótesis de delimitación de especies, éstas se pondrán a prueba en base al procedimiento de delimitación con factores Bayes para datos genómicos de SNP (Leaché, Fujita, Minin & Bouckaert, 2014). Este método evalúa varias hipótesis de delimitación de especies comparando los estimados de sus verosimilitudes marginales, y está disponible dentro del módulo SNAPP del programa BEAST2.

O pessoal envolvido no projeto:

Omar Torres-Carvajal
  • Pesquisador Principal

Metadados Adicionais

Propósito

Representa al Museo de Herpetología QCAZ con la finalidad de vincular informes parciales, finales de permisos de investigación, contratos marco y patentes.
Descrição da manutenção La información se subirá dependiendo del tiempo indicado en el permiso de investigación, contrato marco o patente.
Identificadores alternativos http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_test/resource?r=maae-dbi-cm-2021-0156