Análisis de la variabilidad genética de moras de valles andinos de Ecuador

Data Records

The data in this occurrence resource has been published as a Darwin Core Archive (DwC-A), which is a standardized format for sharing biodiversity data as a set of one or more data tables. The core data table contains 135 records.

2 extension data tables also exist. An extension record supplies extra information about a core record. The number of records in each extension data table is illustrated below.

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How to cite

Researchers should cite this work as follows:

MORILLO E, BUITRON J, FEICAN C, BUITRÓN J (2024). Análisis de la variabilidad genética de moras de valles andinos de Ecuador. Version 1.0. Ninguna organización. Occurrence dataset. https://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_permisos/resource?r=andivalles_mora&v=1.0

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Keywords

mora de castilla; Rubus glaucus; marcadores moleculares; variabilidad genética; Ecuador

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Geographic Coverage

PICHINCHA

Taxonomic Coverage

N/A

Temporal Coverage

Project Data

El género Rubus está conformado aproximadamente 700 especies que incluyen moras y frambuesas. En el Ecuador el cultivo de estas especies se centra en la especie Rubus glaucus, siendo uno de los frutales de mayor potencial agronómico en el Ecuador. Las principales investigaciones sobre el género se han centrado en estudios fisicoquímicos, manejo agrícola y en menor medida en la caracterización molecular. Por tal razón, este trabajo aportó con datos de variabilidad genética de especies del genero Rubus presentes en la serranía del Ecuador. El estudio se inició con la extracción de ADN y con la selección de un set de primers microsatélites polimórficos, se empleó la metodología M13-tailing para las amplificaciones y el analizador de ADN LI- COR 4300s. Se caracterizaron un total de 135 accesiones de moras, cultivadas y silvestres con 20 marcadores microsatélites seleccionados. Se obtuvo un índice polimórfico promedio moderado (0,624), identificándose un total de 180 alelos, y una heterocigosis promedio observada de 0,434, representada en su mayoría por las especies silvestres analizadas. Los análisis de asignación realizados diferenciaron a R. glaucus, del resto de moras analizadas y una estructura genética intraespecífica en dos grupos genéticos (SP1 Y SP2). Finalmente se identificaron muestras duplicadas permitiendo minimizar réplicas de materiales genéticos en el banco de germoplasma. Adicionalmente los marcadores AFLPs diferenciaron a R. glaucus de otras especies del genero y distinguieron una estructuración genetica entre los cultivares de mora analizados

The personnel involved in the project:

Sampling Methods

Se colectaron 300 mg de tejido foliar primordios en una bolsa hermética con 50 gr de sílica gel para cada accesion . Las muestras foliares secas se almacenaron en un desecador conforme a lo indicado en Morillo & Miño, 2011.

Method step description:

1. La extracción de ADN se realizó con el protocolo de Khanuja, et al., (1999) con modificaciones reportadas en Morillo & Miño (2011). Las muestras de ADN se cuantificaron en el espectrofotómetro EPOCH-TM (Biotek®) usando el programa GEN5 (BioTeK Instruments, 2011). Se verificó la concentración por absorbancia en 260 nm y su índice de pureza 260nm/280nm. Las concentraciones de las muestras ADN fueron ajustadas a 10 ng/μl. Se verificó la validez de las muestras de ADN con una amplificación. La PCR y visualización de fragmentos se realizó de acuerdo con Morillo y Miño 2011. Se verificó la amplificación de 30 marcadores microsatélites. Se seleccionaron 20 para el genotipado del material. Las imágenes generadas fueron analizadas el programa Saga GTX (Licor, Usa), y de la lectura se obtuvo la matriz de datos genotípicos.

Collection Data

Bibliographic Citations

1. MORILLO E. & MIÑO G. 2011. Marcadores Moleculares en Biotecnología Agrícola: Manual de procedimientos y técnicas en INIAP. Manual técnico No. 91. Instituto Nacional Autónomo de Investigaciones Agropecuarias, Estación Experimental Santa Catalina. Quito. 121 p.

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