Description
Chenopodium quinoa Willd es un pseudo cereal nativo de los Andes y de gran importancia nutricional por su contenido de vitaminas y minerales. La quinua produce un metabolito secundario llamado saponinas que le provee un sabor a amargo al grano destinado al consumo y que se cree podría estar estrechamente relacionado con los genes CYP y bAS. En esta investigación se tomaron muestras de hoja de seis genotipos, tres dulces y tres amargos a los 30, 60, 90 y 120 días de desarrollo de la planta y con una repetición biológica. Los genotipos en estudio fueron Tunkahuan (TK), Rojo Arrollo (R), Pata de Venado (PV), ECU521 (521), M4 y M2. Se realizó una extracción de ARN, purificación, cuantificación, validación mediante la técnica de RT-qPCR y finalmente se realizó el análisis de la expresión relativa mediante el método ∆∆Ct. Los resultados obtenidos en la réplica biológica 1 (Planta 1) indicaron que los genotipos amargos muestran un mayor nivel de expresión del gen bAS en comparación con la expresión del gen CYP. Respecto a la réplica 2 (Planta 2) se observó un mayor nivel de expresión de gen bAS en genotipos amargos respecto a PV-2 (Calibrador), mientras que para el gen CYP se observó un mayor nivel de expresión tanto en genotipos dulces como amargos respecto a PV-2 (Calibrador). En cuanto a la comparación del nivel de expresión entre las réplicas biológicas se observó diferencias significativas entre genotipos a los cuatro tiempos. Los resultados indican una posible relación entre la expresión del gen CYP y bAS con la síntesis de saponinas, sin embargo, se cree que no son los únicos, sino que existen otros genes involucrados y que aún no han sido estudiados.
Data Records
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Versions
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How to cite
Researchers should cite this work as follows:
MORILLO E, BUITRON J, BANDERAS Z (2024). Evaluación de la expresión de genes asociados a la síntesis de saponinas en genotipos dulces y amargos de quinua del INIAP. Version 1.2. Ninguna organización. Occurrence dataset. https://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_permisos/resource?r=qpcr_quinua&v=1.2
Rights
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GBIF Registration
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Keywords
Saponinas; RT-qPCR; expresión génica; gen; genotipo
Contacts
- Originator
- INVESTIGADOR PRINCIPAL
https://orcid.org/orcid.org/0000-0002-6875-6002
- Point Of Contact
- DIRECTOR EJECUTIVO
- Av. Eloy Alfaro N30-350 y Av. Amazonas Edificio MAGAP – 4to. piso
- 022567645
- Point Of Contact
- DIRECCION DE INVESTIGACIONES
- EDIFICIO MAG 4TO PISO AV. ELOY ALFARO Y AMAZONAS
- 02-2567645
- Curator
- RESPONSABLE LEGUMINOSAS Y GRANOS ANDINOS
Geographic Coverage
PICHINCHA
| Bounding Coordinates | South West [-90, -180], North East [90, 180] |
|---|
Taxonomic Coverage
N/A
| Kingdom | Plantae |
|---|---|
| Phylum | Tracheophyta |
| Class | Magnoliopsida, Magnoliopsida |
| Order | Caryophyllales |
| Family | Amaranthaceae |
Temporal Coverage
| Start Date / End Date | 2020-10-20 / 2021-10-20 |
|---|
Project Data
No Description available
| Title | Evaluación de la expresión de genes asociados a la síntesis de saponinas en genotipos dulces y amargos de quinua del INIAP |
|---|---|
| Identifier | MAAE-DNB-CM-2020-0140 |
| Study Area Description | Los genotipos de quinua se sembraron en la provincia de Pichincha en el cantón Mejía en la Estación Experimental Santa Catalina (EESC). Una vez sembrados los genotipos se esperó un lapso de uno, dos, tres y cuatro meses para los respectivos muestreos (30, 60, 90 y 120 días). Se recolectaron dos hojas de cada de genotipo de quinua. |
| Design Description | Se realizó un diseño completamente al azar (DCA) con arreglo factorial 6x4 con un total de 24 tratamientos, y se utilizaron 2 réplicas biológicas por cada tratamiento. En el ensayo se planteó el análisis de dos factores de estudio: el tiempo y el genotipo, y como variable de respuesta se consideró el nivel de expresión de los genes CYP y bAS. El factor tiempo está compuesto por 4 niveles: 30, 60, 90 y 120 días de desarrollo de la planta. El factor genotipo está compuesto por 6 niveles: los genotipos R, 521, TK, M4, M2 y PV. |
Sampling Methods
Una vez sembrados los genotipos se esperó un lapso de uno, dos, tres y cuatro meses para los respectivos muestreos (30, 60, 90 y 120 días). Se recolectaron dos hojas de cada de genotipo de quinua. Las muestras se recolectaron con pinzas previamente estériles y se colocaron en papel aluminio. A continuación, las muestras se almacenaron en hielo para su almacenamiento a -80°C en el laboratorio de Biología Molecular.
| Study Extent | Los genotipos de quinua se sembraron en lotes experimentales en la provincia de Pichincha en el cantón Mejía en la Estación Experimental Santa Catalina (EESC). |
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Method step description:
- Las muestras conservadas a -80°C se maceraron con nitrógeno líquido mediante el uso de morteros previamente estériles, se recolectaron entre 50 y 100 mg de muestra macerada y se utilizó el reactivo TRIzol™ para la extracción de ARN.La purificación de ARN se realizó para eliminar trazas de ADN presentes en las muestras mediante el uso del kit RQ1 RNase-Free DNase. La cuantificación de ARN se realizó por fluorometría utilizando el instrumento Qubit con el Kit Quant-It™ Assays. Para la PCR de transcripción inversa cuantitativa (RT-qPCR) se utilizó el Kit Brilliant III Ultra-Fast SYBR Green QRT-PCR Master Mix y el termociclador Agilent Mx3005P. La cuantificación de la expresión de los genes CYP y BAS se realizó mediante el método delta-delta Ct (ΔΔCt). La cuantificación relativa se llevó a cabo mediante el uso de un calibrador, el genotipo Pata de Venado (PV) la cual es una variedad dulce. Se realizó un diseño completamente al azar (DCA) con arreglo factorial 6x4 con un total de 24 tratamientos, y se utilizaron 2 réplicas biológicas por cada tratamiento. En el ensayo se planteó el análisis de dos factores de estudio: el tiempo y el genotipo, y como variable de respuesta se consideró el nivel de expresión de los genes CYP y bAS. El factor tiempo está compuesto por 4 niveles: 30, 60, 90 y 120 días de desarrollo de la planta. El factor genotipo está compuesto por 6 niveles: los genotipos R, 521, TK, M4, M2 y PV. Se realizó el análisis de varianza ANOVA y se aplicó la prueba de significancia Tukey. Los datos fueron analizados en el paquete estadístico SPSS.
Additional Metadata
| Alternative Identifiers | https://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_permisos/resource?r=qpcr_quinua |
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