Obtención de los códigos de barras genéticos de ADN de especies de arácnidos en los ecosistemas forestales de montaña del Ecuador organizados en una plataforma digital a través de una aplicación web para estudios de biodiversidad.

Occurrence
Dernière version Publié par Pontificia Universidad Católica del Ecuador le nov. 10, 2023 Pontificia Universidad Católica del Ecuador
Accueil:
https://bioweb.puce.edu.ec/QCAZ/
Date de publication:
10 novembre 2023
Licence:
CC-BY-NC 4.0

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Description

BIO-GEEC: GERMAN-ECUADORIAN BIODIVERSITY CONSORTIUM<br> Establishing barcoding pipelines for biological systems of public and economic relevance. <br><br> Ecuador is a megadiverse country and all ecoregions of the country belong to one of the “hottest” global biodiversity hotspots, meaning that the very high levels of species endemism contrast with extreme levels of habitat destruction. Major challenges will be to restore the biodiversity and ecosystem functioning in lost or disturbed habitats of human relevance, especially in the Andean mountain ecosystems (e. g. cloud forests or páramos). The páramo, for example, serves as a major carbon storage medium and provided drinking water for Ecuador’s human population. In this project, four German institutions and four Ecuadorian universities (17 scientists in total) are forming the German-Ecuadorian Biodiversity Consortium (BIO-GEEC) that has three major objectives. <br><br> First, we will develop a rapid pipeline for the genetic identification and characterization of organismic groups with public and/or economic relevance. We establish the physical infrastructure, databases, IT protocols and a Web App (EcBioDiv) for a comprehensive barcoding workflow, and transfer the skills and tools available in Germany to our partnering institutions in Ecuador. <br><br> Second, we will implement and test this infrastructure in four sub-projects (SP) that address patterns of biodiversity in taxa and tissue of high relevance: seed plants (tissue, seeds & pollen), pollinating insects, venomous arachnids, and soil microorganisms. Third, we will generate an international network for reciprocal training and exchange. This is particularly aimed at early career researchers that will transfer these skills to practical enterprises and careers in research, government bodies, and industry. Within the SPs, we will be analyzing important aspects of microbiomes diversity (SP6) and seed biology (SP3), thereby paving the way to practical rehabilitation programs, but also providing a foundation for commercial enterprises such as plant nurseries (SP3) or biomedical research (SP6). <br><br> We will also compile a comprehensive library of palm pollinators and palm floral visitors and thus establish a complete network of palm species, their pollinators, and pollen for practical agriculture, farming and bioprospecting (SP4). We will further barcode venomous arachnids to allow for improved human health services and venom bioprospection (SP5). To achieve this in a collaborative effort, we selected a specific transect near Tena (Napo Province) that allows coordinated research in all subprojects in one transect, ranging from tropical rain forest at low elevation to páramo habitats in high altitudes. <br><br> Several joint activities (e.g. a summer school and joint thesis supervision) will foster the nascent network. Once the molecular routines and informatic pipeline components have been established in Ecuador, BIO-GEEC will facilitate the biodiversity research for the Ecuadorian partners and the German institutions, since barriers for material and data exchange will be significantly lowered. German partners will benefit from the resources in terms of new project design, biodiversity analyses, biomonitoring and modelling. <br><br> Ecuadorian partners will benefit from the physical infrastructure, new molecular skills and methodologies, and international training. We will implement BIO-GEEC to serve as an umbrella for future biodiversity research projects in Ecuador involving molecular data. Once implemented and functional, the network will be expanded to further facilitate exchange, data access and collaborative research across institutions and country borders. BIO-GEEC is also intended to serve as a stepping stone for a larger joint research project on Ecuadorian biodiversity with our new partners, and generate the necessary data and infrastructure to compete for funding from other (e.g. the Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG) sources after this call has ended.

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme dune Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant quensemble dun ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 112 enregistrements.

4 tableurs de données dextension existent également. Un enregistrement dextension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre denregistrements dans chaque tableur de données dextension est illustré ci-dessous.

Occurrence (noyau)
112
Permit 
112
Preparation 
112
dnaDerivedData 
112
ExtendedMeasurementOrFact 
112

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous naffiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

Dupérré N, Crespo-Pérez V, Harms D, Tapia E, Dietmar Q, Duperre N (2023). Obtención de los códigos de barras genéticos de ADN de especies de arácnidos en los ecosistemas forestales de montaña del Ecuador organizados en una plataforma digital a través de una aplicación web para estudios de biodiversidad.. Version 2.0. Museo de Zoología QCAZ de la PUCE. Occurrence dataset. https://doi.org/10.60545/sbpk0b

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Pontificia Universidad Católica del Ecuador. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède lUUID GBIF suivante : 39c2d84a-4a44-4b19-afda-34124377957d.  Pontificia Universidad Católica del Ecuador publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec lapprobation du GBIF Ecuador.

Mots-clé

Spider; diversity; dna-barcoding; Taxonomy; Ecuador; Metadata; Occurrence

Contacts

Nadine Dupérré
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
  • Collection Manager-Arachnology
LIB-Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change
DE
Veronica Crespo-Pérez
  • Créateur ●
  • Personne De Contact
  • Curator
Museo de Zoologia-QCAZ
EC
Danilo Harms
  • Créateur
  • Curator
LIB-Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change
DE
Elicio Tapia
  • Créateur
OTONGA foundation
EC
Quandt Dietmar
  • Créateur
  • Professor
Nees Institute for Plant Biodiversity, University of Bonn.
Nadine Duperre
  • Chercheur Principal
  • Collection Manager-Arachnology
LIB-Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change
Nadine Duperre
  • Chercheur Principal
LIB-Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change
DE
Verónica Crespo-Pérez
  • Chercheur Principal
QCAZ
EC

Couverture géographique

Ecuador

Enveloppe géographique Sud Ouest [-5, -82], Nord Est [2, -75]

Couverture temporelle

Date de début / Date de fin 2020-12-11 / 2023-12-11

Données sur le projet

Establishing barcoding pipelines for biological systems of public and economic relevance.

Titre Obtención de los códigos de barras genéticos de ADN de especies de arácnidos en los ecosistemas forestales de montaña del Ecuador organizados en una plataforma digital a través de una aplicación web para estudios de biodiversidad.
Identifiant MAE-DNB-CM-2020-0130
Financement DAAD
Description du domaine détude / de recherche Ecuador

Les personnes impliquées dans le projet:

Elicio Tapia
  • Auteur
Danilo Harms
  • Chercheur Principal
Dietmar Quandt
  • Chercheur Principal

Méthodes déchantillonnage

Samples were collected by pitfall trap in propylene-glycol and ethanol. All Arachnids were sorted and stored in 100% ethanol for DNA studies.

Etendue de létude Pitfalls were set in the Paramo en Colonso-Chalupas. The trap were emptied every 10 days for 2 months.

Description des étapes de la méthode:

  1. Specimens were studied under a microscope for identification. The third leg on the left side was detached and sent for sequencing.

Données de collection

Nom de la collection QCAZ
Méthode de conservation des spécimens Alcohol

Métadonnées additionnelles