Obtención de los códigos de barras genéticos de ADN de especies de arácnidos en los ecosistemas forestales de montaña del Ecuador organizados en una plataforma digital a través de una aplicación web para estudios de biodiversidad.

Registro biológico
Última versión publicado por Pontificia Universidad Católica del Ecuador el nov 10, 2023 Pontificia Universidad Católica del Ecuador
Inicio:
https://bioweb.puce.edu.ec/QCAZ/
Fecha de publicación:
10 de noviembre de 2023
Licencia:
CC-BY-NC 4.0

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Descripción

BIO-GEEC: GERMAN-ECUADORIAN BIODIVERSITY CONSORTIUM<br> Establishing barcoding pipelines for biological systems of public and economic relevance. <br><br> Ecuador is a megadiverse country and all ecoregions of the country belong to one of the “hottest” global biodiversity hotspots, meaning that the very high levels of species endemism contrast with extreme levels of habitat destruction. Major challenges will be to restore the biodiversity and ecosystem functioning in lost or disturbed habitats of human relevance, especially in the Andean mountain ecosystems (e. g. cloud forests or páramos). The páramo, for example, serves as a major carbon storage medium and provided drinking water for Ecuador’s human population. In this project, four German institutions and four Ecuadorian universities (17 scientists in total) are forming the German-Ecuadorian Biodiversity Consortium (BIO-GEEC) that has three major objectives. <br><br> First, we will develop a rapid pipeline for the genetic identification and characterization of organismic groups with public and/or economic relevance. We establish the physical infrastructure, databases, IT protocols and a Web App (EcBioDiv) for a comprehensive barcoding workflow, and transfer the skills and tools available in Germany to our partnering institutions in Ecuador. <br><br> Second, we will implement and test this infrastructure in four sub-projects (SP) that address patterns of biodiversity in taxa and tissue of high relevance: seed plants (tissue, seeds & pollen), pollinating insects, venomous arachnids, and soil microorganisms. Third, we will generate an international network for reciprocal training and exchange. This is particularly aimed at early career researchers that will transfer these skills to practical enterprises and careers in research, government bodies, and industry. Within the SPs, we will be analyzing important aspects of microbiomes diversity (SP6) and seed biology (SP3), thereby paving the way to practical rehabilitation programs, but also providing a foundation for commercial enterprises such as plant nurseries (SP3) or biomedical research (SP6). <br><br> We will also compile a comprehensive library of palm pollinators and palm floral visitors and thus establish a complete network of palm species, their pollinators, and pollen for practical agriculture, farming and bioprospecting (SP4). We will further barcode venomous arachnids to allow for improved human health services and venom bioprospection (SP5). To achieve this in a collaborative effort, we selected a specific transect near Tena (Napo Province) that allows coordinated research in all subprojects in one transect, ranging from tropical rain forest at low elevation to páramo habitats in high altitudes. <br><br> Several joint activities (e.g. a summer school and joint thesis supervision) will foster the nascent network. Once the molecular routines and informatic pipeline components have been established in Ecuador, BIO-GEEC will facilitate the biodiversity research for the Ecuadorian partners and the German institutions, since barriers for material and data exchange will be significantly lowered. German partners will benefit from the resources in terms of new project design, biodiversity analyses, biomonitoring and modelling. <br><br> Ecuadorian partners will benefit from the physical infrastructure, new molecular skills and methodologies, and international training. We will implement BIO-GEEC to serve as an umbrella for future biodiversity research projects in Ecuador involving molecular data. Once implemented and functional, the network will be expanded to further facilitate exchange, data access and collaborative research across institutions and country borders. BIO-GEEC is also intended to serve as a stepping stone for a larger joint research project on Ecuadorian biodiversity with our new partners, and generate the necessary data and infrastructure to compete for funding from other (e.g. the Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG) sources after this call has ended.

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 112 registros.

también existen 4 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Occurrence (core)
112
Permit 
112
Preparation 
112
dnaDerivedData 
112
ExtendedMeasurementOrFact 
112

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Dupérré N, Crespo-Pérez V, Harms D, Tapia E, Dietmar Q, Duperre N (2023). Obtención de los códigos de barras genéticos de ADN de especies de arácnidos en los ecosistemas forestales de montaña del Ecuador organizados en una plataforma digital a través de una aplicación web para estudios de biodiversidad.. Version 2.0. Museo de Zoología QCAZ de la PUCE. Occurrence dataset. https://doi.org/10.60545/sbpk0b

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Pontificia Universidad Católica del Ecuador. Esta obra está bajo una licencia Creative Commons de Atribución/Reconocimiento-NoComercial (CC-BY-NC 4.0).

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 39c2d84a-4a44-4b19-afda-34124377957d.  Pontificia Universidad Católica del Ecuador publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por GBIF Ecuador.

Palabras clave

Spider; diversity; dna-barcoding; Taxonomy; Ecuador; Metadata; Occurrence

Contactos

Nadine Dupérré
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • Collection Manager-Arachnology
LIB-Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change
DE
Veronica Crespo-Pérez
  • Originador ●
  • Punto De Contacto
  • Curator
Museo de Zoologia-QCAZ
EC
Danilo Harms
  • Originador
  • Curator
LIB-Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change
DE
Elicio Tapia
  • Originador
OTONGA foundation
EC
Quandt Dietmar
  • Originador
  • Professor
Nees Institute for Plant Biodiversity, University of Bonn.
Nadine Duperre
  • Investigador Principal
  • Collection Manager-Arachnology
LIB-Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change
Nadine Duperre
  • Investigador Principal
LIB-Leibniz Institute for the Analysis of Biodiversity Change
DE
Verónica Crespo-Pérez
  • Investigador Principal
QCAZ
EC

Cobertura geográfica

Ecuador

Coordenadas límite Latitud Mínima Longitud Mínima [-5, -82], Latitud Máxima Longitud Máxima [2, -75]

Cobertura temporal

Fecha Inicial / Fecha Final 2020-12-11 / 2023-12-11

Datos del proyecto

Establishing barcoding pipelines for biological systems of public and economic relevance.

Título Obtención de los códigos de barras genéticos de ADN de especies de arácnidos en los ecosistemas forestales de montaña del Ecuador organizados en una plataforma digital a través de una aplicación web para estudios de biodiversidad.
Identificador MAE-DNB-CM-2020-0130
Fuentes de Financiación DAAD
Descripción del área de estudio Ecuador

Personas asociadas al proyecto:

Elicio Tapia
  • Autor
Danilo Harms
  • Investigador Principal
Dietmar Quandt
  • Investigador Principal

Métodos de muestreo

Samples were collected by pitfall trap in propylene-glycol and ethanol. All Arachnids were sorted and stored in 100% ethanol for DNA studies.

Área de Estudio Pitfalls were set in the Paramo en Colonso-Chalupas. The trap were emptied every 10 days for 2 months.

Descripción de la metodología paso a paso:

  1. Specimens were studied under a microscope for identification. The third leg on the left side was detached and sent for sequencing.

Datos de la colección

Nombre de la Colección QCAZ
Métodos de preservación de los ejemplares Alcohol

Metadatos adicionales