Análisis transcriptómico en dos cultivares comerciales de tomate de árbol durante el desarrollo y maduración del fruto para identificación de genes asociados al color de la pulpa

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 16 enregistrements.

2 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

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Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

MORILLO E, BUITRON J (2025). Análisis transcriptómico en dos cultivares comerciales de tomate de árbol durante el desarrollo y maduración del fruto para identificación de genes asociados al color de la pulpa. Version 1.0. Ninguna organización. Occurrence dataset. http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_permisos/resource?r=transcriptoma_tomate&v=1.0

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution Non Commercial (CC-BY-NC) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource n'a pas été enregistrée sur le portail GBIF

Mots-clé

Transcriptoma; tomate de árbol; frutos

Contacts

Couverture géographique

CHIMBORAZO

Couverture taxonomique

N/A

Couverture temporelle

Données sur le projet

El Programa de Fruticultura del INIAP desde 2006 ha evaluado cruces interespecíficos entre especies relacionadas al tomate de árbol. Estas especies producen resistencia diferencial a algunas enfermedades, pero presentan mala calidad del fruto (tamaño y sabor), por lo que se realizaron retrocruces para recuperarla. Al momento se cuenta con progenies con distinto color de mucílago y distinta calidad a antioxidante, esta nueva variabilidad que puede usarse en nuevos programas de mejoramiento. Por otro lado, estudios del transcriptóma son investigaciones prácticamente inexistentes en frutales andinos. Por ese motivo, generar información básica en esta temática contribuirá a futuras investigaciones aplicadas al mejoramiento genético de frutales como el tomate de árbol. Conocer el determinismo genético de caracteres como el color de la pulpa y del mucílago, es un paso importante en la investigación de este frutal ya que permitirá en el corto plazo generar herramientas moleculares con posibles aplicaciones en mejoramiento asistido, proceso que sin duda tendría un impacto ya que estas técnicas permiten acortar los tiempos de selección del mejoramiento que son procesos largos en el caso de cultivos perennes como S. betaceum.

Les personnes impliquées dans le projet:

Méthodes d'échantillonnage

A partir de la autopolinización, se realizó la toma de material en tres momentos de desarrollo del fruto a partir de la fecundación, M1 a los 50 días, M2 a los 83 días (estado de diferenciación de pulpa y mucilago) y M3 a la madurez fisiológica (180 días).La toma de muestras se realizó en nitrógeno líquido, y los frutos se conservaron a -80ºC hasta la extracción de RNA.

Description des étapes de la méthode:

1. El Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias (INIAP) ha evaluado desde 2006 cruces interespecíficos en tomate de árbol (Solanum betaceum) para combinar resistencia a enfermedades y una mejor calidad de fruto. Generar información básica como en la identificación y expresión de genes de interés contribuirá a futuras investigaciones aplicadas al mejoramiento genético del tomate de árbol. En el caso de la calidad del fruto, varios parámetros y factores interactúan ya que la calidad es una característica compleja y probablemente de tipo multigénica. Conocer el determinismo genético de este carácter es un paso importante en la investigación de este frutal ya que permitirá en el corto plazo generar herramientas moleculares con posibles aplicaciones en mejoramiento asistido. El mejoramiento asistido es un proceso que sin duda tendría un impacto ya que estas técnicas permiten acortar los tiempos de selección del mejoramiento que son procesos largos en el caso de cultivos perennes como el tomate de arbol. Adicionalmente enfocarse en el mejoramiento de características como el color de la pulpa y el mucílago del fruto es importante, ya que éstos inciden mayoritariamente en la aceptación de una variedad y del consumidor final. En este proyecto se estableció un ensayo experimental con dos cultivares comerciales de tomate de árbol: de pulpa anaranjada y pulpa morada. En campo se realizaron autofecundaciones controladas desde abril de 2021 y se recolectaron frutos en tres etapas de desarrollo: M1 (50 días post-fecundación), M2 (83 días), y M3 (180 días, madurez fisiológica). De los frutos obtenidos se extrajeron muestras de pulpa y mucílago las cuales se conservaron en nitrógeno líquido y a -80°C hasta la extracción de ARN en laboratorio. Para la extracción de ARN, se compararon tres reactivos comerciales: Trizol, Qiazol y PureLink®. Se eligió Trizol por su mayor eficiencia y disponibilidad. La cuantificación se realizó por fluorometría (QUBIT) y espectrofotometría (EPOCH), y se verificó la integridad del ARN por electroforesis en agarosa. Se obtuvieron 36 muestras de ARN correspondientes a pulpa y mucílago de los distintos momentos de desarrollo de los frutos. De los ARNs obtenidos se seleccionaron 18 muestras con alta integridad y pureza para la secuenciación NGS. Para la construcción de librerías se utilizó el kit TruSeq Stranded mRNA Library de Illumina y las librerías seleccionadas se secuenciaron por síntesis en paired-end.

Métadonnées additionnelles