Análisis transcriptómico en dos cultivares comerciales de tomate de árbol durante el desarrollo y maduración del fruto para identificación de genes asociados al color de la pulpa

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 16 registros.

también existen 2 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

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MORILLO E, BUITRON J (2025). Análisis transcriptómico en dos cultivares comerciales de tomate de árbol durante el desarrollo y maduración del fruto para identificación de genes asociados al color de la pulpa. Version 1.0. Ninguna organización. Occurrence dataset. http://patrimonio.ambiente.gob.ec/iptmae_permisos/resource?r=transcriptoma_tomate&v=1.0

Derechos

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Registro GBIF

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Palabras clave

Transcriptoma; tomate de árbol; frutos

Contactos

Cobertura geográfica

CHIMBORAZO

Cobertura taxonómica

N/A

Cobertura temporal

Datos del proyecto

El Programa de Fruticultura del INIAP desde 2006 ha evaluado cruces interespecíficos entre especies relacionadas al tomate de árbol. Estas especies producen resistencia diferencial a algunas enfermedades, pero presentan mala calidad del fruto (tamaño y sabor), por lo que se realizaron retrocruces para recuperarla. Al momento se cuenta con progenies con distinto color de mucílago y distinta calidad a antioxidante, esta nueva variabilidad que puede usarse en nuevos programas de mejoramiento. Por otro lado, estudios del transcriptóma son investigaciones prácticamente inexistentes en frutales andinos. Por ese motivo, generar información básica en esta temática contribuirá a futuras investigaciones aplicadas al mejoramiento genético de frutales como el tomate de árbol. Conocer el determinismo genético de caracteres como el color de la pulpa y del mucílago, es un paso importante en la investigación de este frutal ya que permitirá en el corto plazo generar herramientas moleculares con posibles aplicaciones en mejoramiento asistido, proceso que sin duda tendría un impacto ya que estas técnicas permiten acortar los tiempos de selección del mejoramiento que son procesos largos en el caso de cultivos perennes como S. betaceum.

Personas asociadas al proyecto:

Métodos de muestreo

A partir de la autopolinización, se realizó la toma de material en tres momentos de desarrollo del fruto a partir de la fecundación, M1 a los 50 días, M2 a los 83 días (estado de diferenciación de pulpa y mucilago) y M3 a la madurez fisiológica (180 días).La toma de muestras se realizó en nitrógeno líquido, y los frutos se conservaron a -80ºC hasta la extracción de RNA.

Descripción de la metodología paso a paso:

1. El Instituto Nacional de Investigaciones Agropecuarias (INIAP) ha evaluado desde 2006 cruces interespecíficos en tomate de árbol (Solanum betaceum) para combinar resistencia a enfermedades y una mejor calidad de fruto. Generar información básica como en la identificación y expresión de genes de interés contribuirá a futuras investigaciones aplicadas al mejoramiento genético del tomate de árbol. En el caso de la calidad del fruto, varios parámetros y factores interactúan ya que la calidad es una característica compleja y probablemente de tipo multigénica. Conocer el determinismo genético de este carácter es un paso importante en la investigación de este frutal ya que permitirá en el corto plazo generar herramientas moleculares con posibles aplicaciones en mejoramiento asistido. El mejoramiento asistido es un proceso que sin duda tendría un impacto ya que estas técnicas permiten acortar los tiempos de selección del mejoramiento que son procesos largos en el caso de cultivos perennes como el tomate de arbol. Adicionalmente enfocarse en el mejoramiento de características como el color de la pulpa y el mucílago del fruto es importante, ya que éstos inciden mayoritariamente en la aceptación de una variedad y del consumidor final. En este proyecto se estableció un ensayo experimental con dos cultivares comerciales de tomate de árbol: de pulpa anaranjada y pulpa morada. En campo se realizaron autofecundaciones controladas desde abril de 2021 y se recolectaron frutos en tres etapas de desarrollo: M1 (50 días post-fecundación), M2 (83 días), y M3 (180 días, madurez fisiológica). De los frutos obtenidos se extrajeron muestras de pulpa y mucílago las cuales se conservaron en nitrógeno líquido y a -80°C hasta la extracción de ARN en laboratorio. Para la extracción de ARN, se compararon tres reactivos comerciales: Trizol, Qiazol y PureLink®. Se eligió Trizol por su mayor eficiencia y disponibilidad. La cuantificación se realizó por fluorometría (QUBIT) y espectrofotometría (EPOCH), y se verificó la integridad del ARN por electroforesis en agarosa. Se obtuvieron 36 muestras de ARN correspondientes a pulpa y mucílago de los distintos momentos de desarrollo de los frutos. De los ARNs obtenidos se seleccionaron 18 muestras con alta integridad y pureza para la secuenciación NGS. Para la construcción de librerías se utilizó el kit TruSeq Stranded mRNA Library de Illumina y las librerías seleccionadas se secuenciaron por síntesis en paired-end.

Metadatos adicionales