DIATOMEAS COMO BIOINDICADORAS DE DOS ECOSISTEMAS LÓTICOS DE LA PROVINCIA DEL AZUAY

Enregistrements de données

Les données de cette ressource occurrence ont été publiées sous forme d'une Archive Darwin Core (Darwin Core Archive ou DwC-A), le format standard pour partager des données de biodiversité en tant qu'ensemble d'un ou plusieurs tableurs de données. Le tableur de données du cœur de standard (core) contient 1 137 enregistrements.

5 tableurs de données d'extension existent également. Un enregistrement d'extension fournit des informations supplémentaires sur un enregistrement du cœur de standard (core). Le nombre d'enregistrements dans chaque tableur de données d'extension est illustré ci-dessous.

Cet IPT archive les données et sert donc de dépôt de données. Les données et métadonnées de la ressource sont disponibles pour téléchargement dans la section téléchargements. Le tableau des versions liste les autres versions de chaque ressource rendues disponibles de façon publique et permet de tracer les modifications apportées à la ressource au fil du temps.

Versions

Le tableau ci-dessous n'affiche que les versions publiées de la ressource accessibles publiquement.

Comment citer

Les chercheurs doivent citer cette ressource comme suit:

CORDERO P, SALAZAR J (2023). DIATOMEAS COMO BIOINDICADORAS DE DOS ECOSISTEMAS LÓTICOS DE LA PROVINCIA DEL AZUAY. Version 1.5. Universidad Católica de Cuenca. Occurrence dataset. https://doi.org/10.60545/o0tlqt

Droits

Les chercheurs doivent respecter la déclaration de droits suivante:

L’éditeur et détenteur des droits de cette ressource est Universidad Católica de Cuenca. Ce travail est sous licence Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0.

Enregistrement GBIF

Cette ressource a été enregistrée sur le portail GBIF, et possède l'UUID GBIF suivante : 7b02f24c-44c1-4906-8284-ebbcfc1c2993.  Universidad Católica de Cuenca publie cette ressource, et est enregistré dans le GBIF comme éditeur de données avec l'approbation du GBIF Ecuador.

Mots-clé

Occurrence; diatoms; water quality; Occurrence

Contacts

Couverture géographique

PROVINCIA DEL AZUAY

Couverture taxonomique

Bacyllariophyta son una clase de Algas unicelulares microscópicas. Conocidas también como diatomeas, son uno de los más comunes tipos de fitoplancton. Pertenecen al reino Cromista y al dominio Eucarya

Couverture temporelle

Données sur le projet

En este estudio se contemplan dos ríos del cantón Cuenca: El Tarqui localizado en una zona ganadera y muy intervenido en su cauce y el Yanuncay menos intervenido pero, con producción de pastos aledaños e incluso piscicultura cercana. Se tomaron en cuenta: la variabilidad espacial (distintos puntos de muestreo) y variabilidad temporal (época seca y época lluviosa) y, se levantó información de hábitat fluvial IHF, de calidad de ribera QBR, parámetros físico-químicos: temperatura, oxígeno disuelto, pH, conductividad eléctrica, fosfatos, nitratos, DBO y, como biológico: coliformes. Además, se recolectaron diatomeas epiliticas tanto para su reconocimiento morfológico mediante microscopia, como molecular con la técnica de metabarcoding. Los resultados de calidad del agua son: mala en el Tarqui en época seca (IPS de 1 a 4,8 y WQI de 42 ,56 especies de diatomeas) y regular en época lluviosa (IPS de 12,4 a 15,67 y WQI de 72 ,74 especies de diatomeas); Mala a deficiente en el Yanuncay en época seca (IPS de 3,8 a 9 y WQI de 52 ,54 riqueza de diatomeas ) y buena en época lluviosa (IPS de 13 a 16,9 y WQI de 79, 124 especies de diatomeas), se corroboran con los resultados metagenómicos (61 especies de diatomeas reportadas

Les personnes impliquées dans le projet:

Méthodes d'échantillonnage

Para el muestreo biótico de las diatomeas, calidad del agua, IHF Y QBR se escogieron 5 puntos de muestreo por cada ecosistema, en los cuales se colectaron en un total 6 muestras diferenciadas de diatomeas epilíticas: tres en la época seca (julio, agosto y septiembre) y tres en la época lluviosa (marzo, abril y mayo) para tener datos de estacionalidad.

Description des étapes de la méthode:

1. Para la determinación del estado ecológico del río se trabajó con los mismos 5 puntos de muestreo por cada ecosistema lótico: Tarqui y Yanuncay, se tomaron datos el estado calidad de ribera (QBR) y el estado del hábitat fluvial (IHF) de acuerdo a los protocolos (Acosta et al., 2014; Encalada et al., 2015; Pardo et al., 2010); en cuanto a la calidad del hábitat fluvial el objetivo  es evaluar las características abióticas y bióticas más importantes presentes en el cauce del río que pueden estar influenciado en la presencia de las diatomeas epilíticas, de acuerdo al tipo de sustrato mineral del cauce y; en cuento a la calidad de ribera el objetivo es establecer el hábitat que influencia sobre la calidad del agua de los ríos y por tanto sobre la presencia o ausencia de distintas comunidades de diatomeas epiliticas y su importancia como bioindicadoras de calidad del agua. Además, se tomaron muestras de agua para establecer sus parámetros físico-químicos en todos los puntos de muestreo, se determinaron parámetros in situ con la sonda multiparámetrica portátil: temperatura, oxígeno disuelto, pH, conductividad y se recolectaron 30 muestras de cada río de acuerdo a los protocolos de la Norma Técnica Ecuatoriana para Agua: Calidad del Agua (2013), se las analizó en el Hidrolab del CITT de la Universidad Católica de Cuenca, tomando en cuenta: demanda biológica de oxígeno (DBO5), nitratos y fosfatos, coliformes fecales y sólidos disueltos totales mediante (Standard Methods Committee, 2020)

   También, se recolectaron muestras de las biopelículas de las piedras que están debajo del agua mediante el raspado con cepillo de dientes (Castillejo et al., 2022; Lobo et al., 2016; Pardo et al., 2010) las mismas que se colocaron en botellas oscuras con agua destilada 60%, 30 % etanol y 10% de formol concentrado al 40% (Pardo et al., 2010). En laboratorio fueron oxidadas mediante peróxido de hidrógeno, ácido clorhídrico y dicromato de potasio para liberarlas de la materia orgánica y montarlas como frústulos permanentemente en portaobjetos con la resina Naphrax®  y cubreobjetos redondos (Cambra et al., 2005; Water Quality — European Committee for Standardization, 2003; Pardo et al., 2010). La identificación taxonómica se realizó mediante en un microscopio con DIC (contraste de interface diferencial) Nikon Elipse E200 bajo un aumento de 100X. De esta forma, se registraron aleatoriamente las especies encontradas en cada campo para llegar, siempre que fue posible, a 400 individuos. En el caso de muestras cuya concentración no era la adecuada se realizaron barridos completos de la placa simulando un zig-zag. Para la identificación se utilizaron claves (Lobo et al., 2016; Metzelin & Lange-Bertalot, 2007; Rumrich et al., 2000).

   
   

   Para la extracción de ADN metagenómico se tomaron muestras de biopelícula de las piedras a las cuales no se les colocó ningún aditivo, en el laboratorio se partió con un volumen inicial de 250 ml de cada punto de muestreo de los ríos Yanuncay y Tarqui. Las muestras fueron homogenizadas y posteriormente, se colectó 10 ml en tubos cónicos. Para concentrar la muestra se centrifugó a 15000 rpm por 10 minutos, el sobrenadante fue descartado. El pellet que se formó se resuspendió en 600μL del Lysis Buffer, volumen empleado para la extracción del DNA siguiendo las instrucciones del protocolo de extracción PureLink Microbiome (Thermo Scientific, USA), modificando la temperatura de incubación a 80°C por 15 minutos. El DNA obtenido fue diluido en 100 μL Elution Buffer. 

   La calidad del ADN se determinó mediante electroforesis en gel de agarosa al 1% y la cuantificación se realizó empleando un espectómetro de microplacas Epoch TM con la finalidad de verificar la cantidad requerida para el análisis molecular. Los análisis de metabarcodificación de ADN fueron realizados por AllGenetics & Biology SL (www.allgenetics.eu). De acuerdo a  Vasselon et al., (2017), se amplificaron regiones del gen de la rbcl (marcador cloroplástico) empleando los primers: Diat_rbcL_708F_1 (AGGTGAAGTAAAAGGTTCWTACTTAAA) 

   Diat_rbcL_708F_2 (AGGTGAAGTTAAAGGTTCWTAYTTAAA)  y 

   Diat_rbcL_708F_3 (AGGTGAAACTAAAGGTTCWTACTTAAA) 

   Como forward primers, combinado con una mezcla equimolar de dos primers 

   Diat_rbcL_R3_1 (CCTTCTAATTTACCWACWACTG) (Stoof-Leichsenring et al., 2015) and Diat_rbcL_R3_2 (CCTTCTAATTTACCWACAACAG) como reverse primers.

   Estos cebadores también incluían las secuencias del cebador de secuenciación de Illumina unidas a sus extremos 5'.

   Para el control de datos de secuenciación se evaluó la calidad de los archivos FASTQ con el software FastQC ( Andrews, 2010) y se resumieron  resultados con MultiQC (Ewels et al., 2016). Las lecturas de amplicón se procesaron con QIIME 2 (versión 2022) (Bolyen et al., 2019). En cuanto a la asignación taxonómica, se consultó sus secuencias representativas en una instancia local de la base de datos GenBank del NCBI (actualizada por última vez en octubre de 2022) utilizando el algoritmo BLASTn v2.12.0+ (Camacho et al., 2009), y configurando los siguientes parámetros: porcentaje de identidad del 97 %, e-value de 1e-05 y una cobertura mínima de aciertos del 80 %.

Données de collection

Citations bibliographiques

1. Lobo, E. A., Heinrich, C. G., Schuch, M., Düpont, A., Ben da Costa, A., Wetzel, C. E., & Ector, L. (2016). Índice trófico de qualidade da água: guia ilustrado para sistemas lóticos subtropicais e temperados brasileiros. En Universidad Santa Cruz do Sul (EDUNISC).Lobo, E. A., Heinrich, C. G., Schuch, M., Düpont, A., Ben da Costa, A., Wetzel, C. E., & Ector, L. (2016). Índice trófico de qualidade da água: guia ilustrado para sistemas lóticos subtropicais e temperados brasileiros. En Universidad Santa Cruz do Sul (EDUNISC). www.unisc.br/edunisc www.unisc.br/edunisc
2. Jones, V. D. Metzelin, H. Lange-Bertalot and Garcia-Rodriguez, Diatoms of Uruguay, Taxonomy, Biogeography and Diversity, H. Lange-Bertalot (ed), Iconographia diatomologica annotated diatom micrographs. Vol 15. Diatoms of Uruguay. J Paleolimnol 36, 441–442 (2006). https://doi.org/10.1007/s10933-006-9042-5
3. Rumrich, U., Lange-Bertalot, H. and Rumrich, M. (2000) Diatoms of the Andes. From Venezuela to Patagonia/Tierra del Fuego and two additional contributions. Lange-Bertalot, H. (ed.), Iconographia Diatomologica. Annotated Diatom Micrographs. Vol. 9. Phytogeography-Diversity-Taxonomy. Koeltz Scientific Books, Königstein, Germany, 9:673 pp.
4. Montoya-Moreno, Y., Sala, S., Vouilloud, A., Aguirre, N & Plata-Díaz, Y. (2013). Lista de las diatomeas de ambientes continentales de Colombia. 680 registros. Versión 2.1. http://doi.org/10.15472/rddjgp

Métadonnées additionnelles